Η αντιμετώπιση της κύστης κόκκυγα εξαρτάται από το στάδιο στο οποίο βρίσκεται η πάθηση. Κατά την οξεία φάση της γίνεται διάνοιξη και παροχέτευση του αποστήματος για να αφαιρεθεί το πυώδες υγρό και να ανακουφιστεί ο ασθενής.

Η χρόνια φάση όμως αντιμετωπίζεται μόνο χειρουργικά. Υπάρχουν δύο τρόποι προσέγγισης:

• Η κλασσική χειρουργική εκτομή, κατά την οποία αφαιρείται η κύστη και όλη η μολυσμένη περιοχή. Με χρήση τοπικής αναισθησίας γίνεται εκτομή της πάσχουσας περιοχής και είτε γίνονται ράμματα, είτε η πληγή αφήνεται ανοιχτή έως ότου να επουλωθεί. Η επέμβαση απαιτεί πολύ συχνές αλλαγές στο τραύμα κι έχει μακρά περίοδο ανάρρωσης.
• Η ενδοσκοπική εξάχνωση με χρήση LASER. Με αυτή την σύγχρονη μέθοδο γίνεται αντιμετώπιση της κύστης σχετικά ανώδυνα και με πιθανόν ταχύτερη ανάρρωση. Μέσα από μια μικρή οπή εισάγεται στην κύστη ένας καθετήρας και με ειδική δέσμη ακτινοβολίας LASER γίνεται φωτοθερμική καταστροφή και σύγκλειση της κύστης. Η περιοχή αποστειρώνεται πλήρως, η επούλωση είναι ταχύτερη καθώς δεν δημιουργείται ανοιχτό τραύμα και ο ασθενής μπορεί πολύ γρήγορα να επιστρέψει στην καθημερινή του δραστηριότητα.

Η κάθε τεχνική έχει πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα. Η προσέγγιση του κάθε ασθενούς πρέπει να είναι πάντα εξατομικευμένη και να ληφθούν υπόψιν πολλοί παράγοντες πριν προβεί ο γιατρός στην λήψη συγκεκριμένων αποφάσεων. Ανάλογα με το προφίλ του ασθενούς, το ιστορικό της υγείας του, αλλά και τα χαρακτηριστικά της πάθησης ανά περίπτωση, ο εξειδικευμένος χειρουργός θα κρίνει ποια χειρουργική μέθοδος είναι η πλέον κατάλληλη για εσάς.